種子島・屋久島交通は、屋久島の路線バスと、種子島のコミュニティバス、スクールバス及び両島内の貸切バスを運行している。元は、それぞれの島ごとに別会社だったが、いわさきグループの事業再編によって、04年に組織が変更された。09年以前は、種子島においても路線バスを運行していたが、新規参入事業者と競合の末、撤退した。

路線車は、すべての車両がエアサス、トップドアで、貸切兼用となっているものも多い。貸切車は、屋久島特有の道路事情により、ハイデッカーが登山道に進入できないため、路線シャーシで貸切マスクを装備した、屋根の低い車両が多く在籍している。会社統合により、両島間で車両の融通が可能となり、効率化が図られている。また、車検整備などは、グループ他社同様、鹿児島の整備工場で行っており、船で無人航送される。